О, хорошо, что заглянула, а то пост уже ушел на вторую страницу.

По вопросам.
1. Вы как приедете на остановку Султанахмет, сразу всё и увидите. Посмотрев по ходу трамвая, вы увидите Софию, её ни с чем не перепутаешь. Ну а Голубая мечеть и София разделены площадью с большим красивым фонтаном. То есть, вы будете уже на месте, сориентируетесь быстро.
От Софии до Эминёню идти элементарно. Просто идете дальше по ходу трамвая, вот прямо ориентируетесь на трамвайные пути, и через несколько остановок будет Эминёню. Вы пройдете остановки Гюльхане и Сиркеджи. Через парк Гюльхане проходить не надо. Просто пройдете мимо входа.
Однако парк Гюльхане - это отдельная тема. Там очень красиво, потрясающие виды на Босфор и Мраморное море, летают попугаи с дерево на дерево)) Но для видов надо пройти через весь парк, это минут 15 по времени. Ну может как-нибудь в другой ваш приезд

2. Билет на кораблик, ну наверное столько и стоит - 4 лиры. Я в Стамбуле всегда пользуюсь транспортной картой, кладу на неё деньги и езжу на всех видах транспорта. Там цены со скидкой получаются. Я её просто прикладываю везде, в том числе и на пристани.

3. Таким макаром я в аэропорт никогда не ездила. Я обычно пользуюсь этой веткой (под Босфором), чтобы доехать до Ускюдара или от Ускюдара. То есть, например, туда на кораблике от Эминёню, а обратно на метро (оно там же, на пристани Ускюдар) до остановки Сиркеджи. На Сиркеджи выхожу, иду на трамвай (пройти недолго).
Сколько займет дорога, если ехать до Еникапи, а там пересесть на метро, я точно не скажу. Но это удобно, всего одна пересадка. Только ориентировочно могу предположить, что участок Ускюдар-Еникапы (вместе со спуском в метро, потому что ветка под Босфором очень глубокая) займет минут 15-20. А участок от Еникапи до аэропорта - минут 40 наверное. То есть, за час должны добраться.

Теперь еще ремарки по плану.
В Голубой мечети делать целый час нечего абсолютно. На всё посещение - максимум полчаса.
Перейти через площади к Софии - 5 минут
Очередь 45 минут в Софию?? Никогда столько не стояла.

А в целом Ваш план - одобряю! Идеальный маршрут ИМХО для короткой ознакомительной поездки.

Хороша страна Болгария! Но Россия лучше всех!