3. Зависит от человека. Если Вы в самолете нормально спите, то и во 2-м классе благополучно доедете.
4. Храм Хатшепсут, долину Царей и/или долину Цариц. Может быть, Рамессеум , но это уже, ИМХО, на любителя.
5. Поезда те же самые: Каир-Асуан. Не знаю, может ещё какие есть но только это будут уже поезда типа местных электричек. В них Вы точно ехать не захотите. Отелей и в Луксоре, и в Асуане предостаточно. В несезон особых проблем с номерами в бюджетных отелях не бывает, а вот в сезон (ноябрь-март) лучше бронировать заранее.