Это предположение или можете чем-либо подкрепить своё утверждение?

Вполне вероятно, что какие-то эксцессы (в духе того и более поздних времён) были, но ни о каком геноциде речи идти не может.
Сравнение с целенаправленным массовым истреблением североамериканских индейцев некорректно.

Изначально отряд Ермака насчитывал менее тысячи человек (вероятно, 600-700).
Хан Сибирский Кучум – из бухарских чингизидов, в любом случае - отнюдь не коренной сибиряк. На престол взошёл в результате междуусобной войны, убив правящего на тот момент хана. Кучум проводил насильственную исламизацию коренного населения, зачастую силой, при необходимости казня непокорных.
Т.о., на момент похода Ермака имела быть пусть не прямая колонизация, но активное вовлечение Сибирского ханства в зону влияния ханства Бухарского, вовсе не безоговорочно поддерживаемая местным населением.
Всеобщего сопротивления Ермаку не было. Шла война с ханом Кучумом и подчинение местечковых властителей. Некоторые местные князьки, недовольные правлением Кучума, вступали с Ермаком в союз. Опорные пункты Ермака снабжало продовольствием местное население.

О зверствах же Ермака можно почитать, например, здесь:
http://www.altyn-orda.kz/altajskaya-zvezda-nacionalnaya-ideya-turana-chast-1/
Национальная идея Турана.
Алтынорда от можа до можа.